Náklady na referendum dosiahnu takmer 12,4 milióna eur. Najväčšia časť prostriedkov, konkrétne 10 474 045 eur, smeruje Ministerstvu vnútra SR. Peniaze budú použité najmä na odmeny členov a zapisovateľov volebných komisií, náhrady mzdy členom komisií, tlač hlasovacích lístkov, metodických a informačných materiálov či ďalších volebných tlačív. Z rozpočtu sa bude financovať aj vybavenie a prevádzka volebných miestností, hlasovanie poštou, nevyhnutné úpravy priestorov, zabezpečenie verejného poriadku či elektronická komunikácia medzi volebnými komisiami. Ďalších 1 918 903 eur získa Štatistický úrad SR, ktorý bude zabezpečovať spracovanie a vyhodnotenie výsledkov referenda.